8 листопада, 2017
Новости ESMO-2017
Геномные варианты циркулирующих опухолевых ДНК, идентифицированные с помощью секвенирования нового поколения, имеют клиническое значение при выборе лечения
Жидкая биопсия внеклеточной циркулирующей опухолевой ДНК (цДНК) представляет собой неинвазивный метод получения геномной информации и выявления генетических аномалий, использование которого поможет оптимизировать лечение пациентов с распространенным раком.
Были представлены результаты исследования, включавшего проведение жидкой биопсии цДНК в сочетании с секвенированием нового поколения (СНП), целью которого было собрать большой набор данных, охватывающий образцы пациентов с немелкоклеточным раком легкого (НМРЛ), раком молочной железы (РМЖ), КРР и несколькими другими типами солидных твердых опухолей.
С помощью теста цДНК СНП, который нацелен на 73 гена (анализатор Guardant360®), были определены соматические геномные профили в 35 492 образцах плазмы, полученных от 30 026 пациентов с прогрессирующими онкологическими заболеваниями.
Положительное предсказывающее значение (ППЗ) выявленных драйверов альтерации циркулирующей опухолевой ДНК оценивали путем сравнения ППЗ для доступных соответствующих тестов у 646 пациентов с опухолями легких, толстой кишки и др.
Исследование включало образцы НМРЛ (36,6%), РМЖ (15,6%), КРР (9,2%) и других видов рака (38,6%). Изменения циркулирующей опухолевой ДНК были выявлены в 86,7, 81,8, 86,4 и 82% случаев соответственно.
В целом изменения были обнаружены в 83,7% образцах, у 19% пациентов было одно или несколько изменений циркулирующей опухолевой ДНК, ассоциированных с терапией, одобренной Управлением по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных препаратов США (FDA).
Кроме того, были определены варианты резистентности в образцах у пациентов с НМРЛ, РМЖ и раком предстательной железы, КРР, меланомой и желудочно-кишечными стромальными опухолями.
При определенных альтерациях драйверов ППЗ варьировало от 92 до 100%; для EGFR L858R/E19del/E20ins ППЗ составляло от 98 до 100%, для слияний ALK/RET/ROS1-92%, для BRAF V600E – 95%, для KRAS G12/G13/Q61-94% и 100% для мутации MET E14.
Анализ частоты ответа на терапию при альтерациях, обнаруженных анализатором Guardant360, выявил высокую частоту ответа на ингибиторы ALK, а также ингибиторы тирозинкиназы EGFR в первой и второй линиях терапии при НМРЛ и анти-HER2 агенты у пациентов с опухолями молочной железы и желудка.
Авторы отметили, что частота использования метода жидкой биопсии в клинической практике увеличивается, что дает возможность неинвазивного получения геномной информации. Полученные при этом данные подчеркивают важность выявления альтераций, связанных с резистентностью, а также альтераций, на которые можно повлиять соответствующими препаратами.
Pal S.K. et al. Clinical implications of genomic variants identified in over 30,000 advanced-stage cancer patients by next-generation sequencing of circulating tumor DNA. abstract ESMO. 2017
Целевые онкогенные драйверы нескольких опухолей могут ассоциироваться с ответом на ингибиторы тирозинкиназы
Крупномасштабное комплексное геномное профилирование >100 000 образцов злокачественных новообразований выявило онкогенные перестройки, включая дупликацию киназного домена (ДКД) и киназные слияния, которые могут иметь терапевтическое значение.
Наблюдаемые при раке ДКД не были изучены так широко, как слияния или другие киназные геномные изменения. Киназные слияния являются важным классом целевых онкогенов, которые связаны как с гематопоэтическими злокачественными новообразованиями, так и с солидными опухолями. С недавних пор онкогенные ДКД в BRAF и EGFR были зарегистрированы в контексте ответа на ингибирование тирозинкиназы.
В исследовании L.M. Gay и соавт. оценивалась частота киназных перестроек на сотнях образцов ткани распространенного рака c целью определить ландшафт онкогенных слияний, ДКД и неканонических перестроек.
Исследователи провели комплексное геномное профилирование на ДНК и/или РНК 114 200 образцов солидных опухолей и гематологических злокачественных образований, оценивая до 406 генов, связанных с раком, и отдельных интронов в 31 гене, которые обычно перегруппированы при раке. В некоторых случаях также выполнялось секвенирование РНК для 265 генов.
При сравнении большого количества образцов ДКД были обнаружены в 598 случаях (0,62%). Среди генов, содержащих ДКД, были BRAF, EGFR, FGFR1/2/3/4, RET, ERBB2, MET, ALK, ROS1, NTRK1/2 и гены PDGFRA/B.
Доля образцов, содержавших ДКД, различалась при различных типах опухолей, в 2,7% из 6317 образцов ткани опухоли головного мозга обнаружены гены, в которых происходила дупликация: EGFR, BRAF, PDGFRA и FGFR3.
Было обнаружено, что экстракраниальные опухоли также содержат ДКД. Альтерация RET наблюдалась в 3-16% случаев в ДКД-позитивных опухолях, при локализации опухоли в молочной железе, легком и щитовидной железе. Альтерация МЕТ присутствовала в 15-20% случаев в образцах матки и мозга при ДКД-позитивном статусе, а ALK – в 54% случаев в ДКД-позитивных образцах ткани легких.
Дупликации киназного домена, возможно, связанные с резистентностью к ингибиторам тирозинкиназы, были обнаружены при BRAF V600E-позитивной меланоме и ALK-ассоциированном НМРЛ.
Киназные слияния чаще всего обнаруживались в ALK, FGFR2/3, RET и ROS1, слияние происходило в каждом гене, обнаруженном в 48-57 различных типах опухолей. Как отмечалось ранее, партнеры слияния широко варьировались в зависимости от локализации опухоли. Например, слияния ROS1 с GOPC преобладали в глиомах и КРР, тогда как слияния TFG и ROS1 были наиболее распространены при саркомах, а слияния CD74 и EZR-ROS1 – при НМРЛ.
Полученные результаты имеют важное клиническое значение, поскольку позволяют предположить, что ДКД, киназные слияния и неканонические перестройки могут быть мишенью для ингибиторов тирозинкиназы при многих гистологических подтипах рака.
Однако, учитывая общую тенденцию к проведению целостного секвенирования генома у онкологических пациентов, необходимо решить ряд технических и финансовых проблем. До тех пор технологии гибридного захвата могут восполнить важные пробелы в знаниях по поводу распространенности редких геномных событий, связанных с лекарственными средствами, при всех видах распространенного рака, а также относительно развития резистентности к лекарственным средствам с течением времени.
Gay L.M. et al. Genomic profiling of 114,200 Advanced Cancers Identifies Recurrent Kinase Domain Duplications (KDD) and Oncogenic Rearrangements (RE) Across Diverse Tumor Types. abstract ESMO. 2017
Гистологические подтипы карциномы тимуса показали различные геномные изменения и разную опухолевую мутационную нагрузку
Комплексное геномное профилирование может быть использовано для идентификации геномных аберраций в высоковариабельных гистологических подтипах карциномы тимуса, наличие которых может влиять на принятие решения относительно предполагаемого лечения.
Известно, что карцинома тимуса включает в себя различные гистологические подтипы с вариабельной клинической агрессивностью, которые по-разному реагируют на местную и системную терапию. Было проведено исследование с целью определить, можно ли усовершенствовать классификацию этих подтипов с использованием комплексного геномного профилирования для выявления геномных изменений, на которые может быть направлена таргетная и иммунотерапия у пациентов с рецидивирующим и метастатическим раком.
Было проведено секвенирование отрезков FFPE, полученных с помощью технологии гибридного захвата от 174 пациентов с метастатической опухолью тимуса, для 315 генов, связанных с раком, и 37 интронов, которые часто перестраиваются при раке. Общая мутационная нагрузка (ОМН) была определена на 1,1 Мб кодирующего генома.
Образцы включали плоскоклеточную карциному (40%), недифференцированную карциному, не относящуюся к нейроэндокринным (31%), нейроэндокринную карциному (17%), аденокарциному (4%), базалоидную (3%), лимфоэпителиоматозную (3%) и саркоматоидную (2%) карциному.
В образцах в среднем было выявлено 4 геномных альтерации. Чаще всего они встречались при саркоматоидной и не нейроэндокринной недифференцированной карциноме, а также при плоскоклеточном раке.
Клинически релевантные геномные альтерации (КРГА) – это геномные альтерации, связанные с приемом лекарственных средств, которые в настоящее время находятся на рынке или проходят оценку в клинических исследованиях. Исследователи определили, что среднее значение КРГА – 0,9 на случай. При плоскоклеточном раке и саркоматоидной карциноме обнаружено наибольшее значение КРГА – в среднем 1,0 на каждый случай.
Самыми частыми молекулярными мишенями оказались гены KIT и PIK3CA; изменения в гене KIT чаще всего встречались при аденокарциноме, нейроэндокринной, плоскоклеточной и саркоматоидной карциноме, тогда как PIK3CA – при не нейроэндокринной недифференцированной и плоскоклеточной карциноме. Другие мишени включали PDGFRA, FGFR3, PTCH1, FBXW7, BRCA2, IDH1, ERBB2 и ERBB3.
При нейроэндокринной, плоскоклеточной и не нейроэндокринной недифференцированной карциноме определялось наибольшее количество геномных изменений, причем KIT был определен примерно в 10% случаев.
Образцы метастатической опухоли тимуса продемонстрировали низкий уровень ОМН, причем всего 6% случаев имели >10 мутаций на Мб и только 3% имели >20 мутаций на Мб. Самая высокая ОМН определялась при аденокарциноме тимуса – в 14% образцов ОМН >10 мутаций на Мб. При плоскоклеточном раке в 9% образцов ОМН составила >20 мутаций на Мб.
Гистологические подтипы карциномы тимуса показали различные геномные изменения и разный уровень ОМН при плоскоклеточной, нейроэндокринной и не нейроэндокринной недифференцированной карциноме с наибольшим количеством геномных изменений. Эти подтипы, а также аденокарцинома имели наибольшее значение КРГА, включая мутации KIT и более высокий уровень ОМН.
Авторы пришли к выводу, что всесторонний анализ геномного профилирования является многообещающим методом для отбора пациентов с карциномой тимуса, которым потребуется таргетная и иммунотерапия.
Ross J.S. et al. Comprehensive Genomic Profiling (CGP) of Thymic Gland Carcinomas. abstract ESMO. 2017
Иммунный ландшафт нейроэндокринных опухолей поджелудочной железы
Анализ профиля иммунной экспрессии показал, что метастазоподобный первичный подтип (МПП) нейроэндокринной опухоли поджелудочной железы (НЭОПЖ) отличается высокоиммунным характером генной экспрессии.
Согласно результатам исследования, озвученным на конгрессе Европейского общества медицинской онкологии (ESMO) в г. Мадриде (Испания), иммунное профилирование образцов, полученных от пациентов с НЭОПЖ, выявило определенную картину экспрессии генов при МПП НЭОПЖ, что позволит отобрать пациентов для проведения иммунотерапии.
Ранее благодаря разработанной в Великобритании сигнатуре PanNETassigner были идентифицированы 3 молекулярных подтипа НЭОПЖ: МПП, промежуточный и инсулиномоподобный.
Целью обсуждаемого исследования является профилирование иммунной структуры 48 образцов ткани пациентов с НЭОПЖ для определения возможности проведения иммунотерапии некоторым из этих пациентов.
Для профилирования экспрессии генов иммунной системы с использованием микрочипов и платформы nCounter (технология Nanostring) была выделена РНК из свежезамороженных образцов опухолей. Также проводился вычислительный анализ для оценки обогащения иммунных клеток.
48 образцов НЭОПЖ были классифицированы на высокоиммунные и «спящие» в соответствии с генной сигнатурой PanNETassigner и на основе анализа профиля иммунной экспрессии.
Большинство опухолей МПП определялись как высокоиммунные, тогда как инсулиномы и промежуточные образцы были «спящими» с точки зрения иммунной системы. Небольшая часть инсулином была классифицирована как высокоиммунные, что может быть связано с гетерогенностью этой опухоли.
Повышенная экспрессия генов CD8B, LAG3, CD38, CXCL10, CXCL9, CCL19, CD28 и CD27 была более очевидна в МПП. Некоторые из этих генов, такие как CD38 и CXCL10, связаны с наличием хронической инфекции, тогда как другие, включая LAG3, являются маркерами истощения Т-клеток.
В 2 из 15 образцов, классифицированных как МПП, был высоко экспрессирован PD‑1, при этом в 7 из 16 образцов МПП определялась высокая экспрессия FOXP3. Уровень экспрессии PD-L1 был гетерогенным в образцах МПП, при этом экспрессия была выражена в 7 из 13 образцов инсулиномы.
Характерная картина экспрессии иммунных генов согласуется с компьютерным анализом обогащения иммунными клетками, который проводился с использованием микрочипов в когорте дублирующих образцов НЭОПЖ.
Авторы исследования пришли к выводу, что в каждом из трех подтипов НЭОПЖ выявлена характерная картина экспрессии генов иммунной системы. По всей видимости, МПП ассоциирован с высокоиммунным фенотипом. Таким образом, генное профилирование может помочь в отборе пациентов с НЭОПЖ для иммунотерапии в монорежиме и рациональной комбинированной иммунотерапии.
Young K. et al. Immune Landscape of Pancreatic Neuroendocrine Tumours (PanNETs), abstract ESMO. 2017
Перевела с англ. Екатерина Марушко
Тематичний номер «Онкологія» № 4 (50), жовтень 2017 р.