9 лютого, 2021
Як SARS-CoV-2 мутує, щоб уникнути імунної відповіді
Згідно з новими дослідженнями Медичної школи Університету Пітсбурга, у повторюваній моделі еволюції SARS-CoV-2 ухиляється від імунної відповіді шляхом вибіркового видалення невеликих частин своєї генетичної послідовності.
Ці видалення відбуваються в частині послідовності, яка кодує форму білка-шипа (S-білка від англ. Spike-protein). Тому антитіла, що раніше нейтралізували вірус, не можуть його розпізнати, оскільки молекулярний «коректор» антитіла, який зазвичай «ловить» помилки під час реплікації SARS-CoV-2, «сліпий» для відстеження видалень, – повідомляють дослідники.
«Ви не можете виправити те, чого там немає», – зазначив керівник дослідницької групи Пол Дюпрекс, Ph.D., директор Центру досліджень вакцин в Університеті Пітсбурга. «Щойно зникає фрагмент генетичної послідовності у важливій частині вірусу, яку «бачить» антитіло, – він іде (від імунної відповіді. – Ред.) назавжди».
Група Дюпрекса вперше натрапила на ці нейтралізуючі видалення у зразку від пацієнта з ослабленим імунітетом, який був заражений SARS-CoV-2 протягом 74 днів, перш ніж помер від COVID-19. Це тривалий час для вірусу та імунної системи, що дає можливість ініціювати коеволюційні процеси, які і призводять до цих тривожних мутацій у вірусному геномі.
Спираючись на конкретний випадок, Пол Дюпрекс звернувся за допомогою до доцента молекулярної біології і молекулярної генетики та експерта з вірусів грипу – майстра імунного ухилення Кевіна Маккарті, – щоб побачити, чи можуть мутації, присутні у вірусних послідовностях згаданого пацієнта, бути частиною більшої тенденції.
Маккарті і його колеги вивчили базу даних послідовностей SARS-CoV-2, зібраних з усього світу від моменту, як SARS-CoV-2 вперше виявили у людини.
Коли розпочався проєкт, влітку 2020 року, SARS-CoV-2 вважався доволі стабільним, але що більше Маккарті вивчав базу даних, то більше видалень фрагмента геному він знаходив і, зрештою, виявив закономірність. Видалення постійно відбуваються в тих же місцях послідовності – прогалинах, де вірус може переносити зміну форми, не втративши при цьому своєї здатності уражати клітини і реплікувати.
Серед послідовностей, які Маккарті визначив як такі, що мають ці видалення, був так званий «британський варіант» – або B.1.1.7. Це було у жовтні 2020 року, коли B.1.1.7 ще не поширився Британією. Тоді ще ніхто не знав, якого значення набуде аналіз Маккарті, який «зловив» цей варіант мутації у пошуках закономірностей у генетичній послідовності SARS-CoV-2.
Хоча ця робота показує, як SARS-CoV-2, ймовірно, може уникнути впливу наявних вакцин і лікарських засобів, неможливо точно знати, коли це може статися. Чи забезпечать вакцини від COVID-19 високий рівень захисту ще півроку? Рік? П'ять років?
«Наскільки ці мутації підірвуть захист, ще належить визначити, – сказав Маккарті. – У якийсь момент нам доведеться переформатувати вакцини або хоча б розглянути цю ідею».
Джерело: How SARS-CoV-2 mutates to escape antibody binding (worldpharmanews.com)